По умолчанию при выборе «Сохранить как» Photoshop автоматически «сохраняет как» в том же месте, что и оригинал. Чтобы сохранить файлы в другом месте (например, в «обработанной папке»), выберите «Настройки» > Обработка файлов > и отключите «Сохранить как в исходную папку».