После того, как покопался в Google и повозился с конфигурацией, решение оказалось намного проще:
- В MagicaVoxel нажмите вкладку, чтобы перейти в режим мира.
- Нажмите "Переместить" > Земля, чтобы переместить модель на землю.
- Сохраните и экспортируйте, и все снова выровняется :)