Вы используете панель Pathfinder (Window > Обработка контуров) для объединения объектов в новые формы. Используйте верхний ряд кнопок на панели для создания контуров или составных контуров. Чтобы создавать сложные формы, используйте кнопки в этих строках, удерживая нажатой клавишу Alt или Option.